Skønt Cæsars passage af Rubicon, der markerede grænsen til hans provins, var markant ved, at det markerede starten på fuld fjendtlighed, var det på ingen måde sikkert, at han ville sejre. Ifølge både Plutarch og Suetonius havde Caesar tvivl i hans sind, da han nåede floden, sidstnævnte hævdede, at disse tvivl kun blev beroliget ved udseendet af en guddommelig åbenbaring. Appian skrev også, at Cæsar havde bekymringer, skønt de havde mere at gøre med blodsudgydelsen, som han kunne frigøre, mens Cassius Dio ikke nævner nogen tøven.

Fejlagtig information om størrelsen på Cæsars hær fik Pompeius og mange af senatorerne til at forlade Rom ikke længe efter. Ifølge Appian og Plutarch blev Pompeius tvunget til denne handling af andre på trods af hans militære erfaring. Cassius Dio tilskriver overgangen til Pompeius i frygt for, at masserne i Rom ville støtte Cæsar over ham. Med hensyn til antal havde Pompeius en overlegen styrke og rekrutterede yderligere tropper på landet. Det var omkring dette tidspunkt, at Labienus, Cæsars mangeårige stedfortræder i Gallien, skiftede sin troskab til Pompeius. Selvom han var fjernet fra Cæsar og var bange for at blive skadet, som Cassius Dio registrerer, ville et sådant skridt have været ekstremt tåbeligt, hvis Pompeius allerede lignede en tabt sag.

Efter at have konsolideret magten i Italien og Spanien, Caesar krydsede Adriaterhavet. Imidlertid blev hans forsyningslinjer skåret, og hans nederlag ved Dyrrachium kunne godt have afsluttet krigen til fordel for Pompeius. At dette ikke skete, var fordi Pompeius var alt for forsigtig og ifølge Cæsar bange for et baghold, da han langt havde overgået hans forventninger i kampen.

Det var først i den sidste kamp ved Pharsalus, at sagerne blev afgjort, og selv der var Cæsar langt fra solid position. Han manglede forsyninger, kun i stand til at erhverve dem med foder. Ifølge Caesar var sådan tilliden til den pompeiske lejr, at nogle af dens medlemmer allerede tildelte præstedømme og delte de forventede bytte. Mens Pompeius overvejede at besejre Cæsar ved sult, overtalte hans overdrevne underordnede ham til at tage banen. Pompeius overtog også Cæsar og besad det overlegne kavaleri. Cæsars taktik førte imidlertid til kavaleriet, og som reaktion flygtede Pompeius og blev til sidst myrdet i Egypten.

Da Cæsar førte sin hær over Rubicon-floden, flygtede Pompey til Grækenland med sin hær og det meste af senatet.

I starten så det ud til, at fordelen lå hos Pompey. Ikke alene befalede han en stor hær, men han kontrollerede også meget af Østen såvel som Spanien. Cæsar håndterede imidlertid situationen mesterligt. Endelig i 48 f.Kr. knuste Caesar Pompeys hær ved Pharsalus i Grækenland.

Pharsalus var vendepunktet. Cæsar var nummereret og kunne let have tabt, men var den bedre general på dagen. Husk, at Pompey blev betragtet som den bedre general mellem de to på det tidspunkt. Derefter var det et spørgsmål om tid, før han sluttede borgerkrigen. Pompey blev senere myrdet i Egypten og havde således aldrig en chance for at komme sig efter nederlaget ved Pharsalus.

Her er en tidslinje af begivenhederne i borgerkrigen mellem Cæsar og Pompeius (fortsat af hans parti efter hans død)

50 - Cæsar trænger ind i Italien ved at krydse Rubicon med sin hær

49 - Pompejus evakuerer Italien og ankommer til Grækenland

• På vej til Spanien indleder Cæsar en belejring af Massilia, han rejser til Spanien, og hans underordnede afslutter med held belejringen og vinder en søslag
• Cæsar ankommer til Spanien, hvor han vinder sejr over pompeiske styrker i Ilerda
• Curio, et medlem af Pompejus parti, besejres og dræbt af styrker, der er loyale over for Cæsar i Afrika

48 - Cæsar vender tilbage til Italien, krydser over til Grækenland og vinder næppe slaget ved Dyrrachium over Pompey

• Pompeius trækker sig tilbage mod øst, han møder Cæsar ved Pharsalus i Thessalien, besejres, flygter til Egypten med båd og bliver myrdet efter ordre fra Ptolemaios XIII
• Cæsar følger Pompeius til Egypten med en lille styrke, mens han sender hovedparten af ​​sin hær til fol lavt via Grækenland -> Lilleasien -> Levant
• Caesar støtter Cleopatra VII i en borgerkrig mod sin bror / mand Ptolemæus XIII og er involveret i gadekampe i Alexandria, hvorfra han næppe sejrer ud
• Pharnaces II af Pontus, en tilhænger af Pompeius, besejrer Gnaeus Domitius Calvinus, en tilhænger af Cæsar, i Nicopolis i Lilleasien

47 - Efter at være blevet forstærket af hans allierede Mithridates of Pergamum , Cæsar, sammen med Cleopatras styrker, besejrer sin bror uden for Alexandria (Slaget ved Nilen) og derved afslutter den egyptiske fase af krigen

• Cæsar samler sine styrker, marcherer nordpå og besejrer Pharnaces ved Zela i Lilleasien (på det tidspunkt erklærer Caesar angiveligt "veni, vidi, vici")
• Caesar vender tilbage til Italien, undertrykker et oprør i Campania og sejler derefter til Afrika

46 - Cæsar besejrer næppe sin tidligere løjtnant og nuværende Pompeian, Titus Labienus i Ruspina i Nordafrika

• Cæsar vinder det store slag ved Thapsus i Nordafrika mod de største resterende rester af Pompejus parti
• Cæsar rejser til Spanien

45 - Cæsar besejrer sidste lomme med pompeisk modstand i Munda i Spanien. En af Pompejus sønner, Sextus, flygter imidlertid til Sicilien, hvor han opbygger en magtbase og modstår Antonius og Octavian indtil 35, da han blev fanget og dræbt i Milet

Kilder: